Die Praxis der Fleischbänke nahm, mit zwischenzeitlich 49 Verkaufsständen zwischen Fleischgasse und Austraße, offenbar überhand. Nicht zuletzt aufgrund des starken Geruchs der ungekühlten Tierkadaver in der Innenstadt kam es bereits in der Mitte des 19. Jahrhunderts zu ersten Beschwerden über den Schlachthof. Als Lösung baute man im Jahr 1863 schließlich eine Fleischhalle an den Schlachthof an, um den Verkauf der Ware besser zu organisieren. Hier wurde noch bis zur Jahrhundertwende Vieh geschlachtet und Fleisch an den Mann gebracht.
Aufgrund anhaltender hygienischer Missstände kam es jedoch im Jahr 1904 abermals zu Protesten gegen den Betrieb. So wurde der alte Schlachthof zu Gunsten des neuen Schlachtbetriebs in der Lichtenhaidestraße außer Betrieb genommen und diente bis 1928 nur noch als Fleischverkaufshalle.
In den Folgejahrzehnten durchlief der alte Schlachthof einer Vielzahl verschiedener Nutzungen durch die Stadt Bamberg. Seit Juni 1983 dient das Gebäude nun der Otto-Friedrich-Universität Bamberg als Bibliotheksgebäude und Raum für Seminare. Hierfür erneuerte man jedoch das Innere des alten Schlachthofs gänzlich. Geblieben ist heute lediglich noch die alte Sandsteinfassade mit der ikonischen Ochsenfigur. In dem alten Sandsteinbau ist heute das Institut für Geographie untergebracht.