Nach der Aufhebung der Jesuitenschule wurde das Naturalienkabinett 1803 neu gegründet. Die Leitung hierfür hatte Dionysius Lindner (1762 bis 1838) inne. Im Jahr 1822 fügte er dem Museum die pomologischen Bestände von Kloster Banz, sowie zahlreiche Exponate des Herrn Julius von Mintoli hinzu. Dieser hatte auf seinen vielen Auslandsreisen zahlreiche exotische Andenken gesammelt.
Der Vogelssal
Glanzstück des Naturkundemuseums ist der Vogelsaal. Dieser ist ein musealer Schauraum aus dem 19. Jahrhundert und diente ursprünglich als Lehrsaal für Professoren und Studenten. Noch heute ist der Saal nahezu in seinem damaligen Zustand erhalten. Zurückzuführen ist dies vermutlich auf Lindner, welcher sich vor allem für den Erhalt seiner seit 1790 eigenhändig aufgebauten obstkundlichen Sammlung interessierte.
Erst im Jahr 1970 wurde der Vogelsaal erstmals saniert. Hierbei erhielten unter anderem die Rahmen der Vitrinen einen neuen Anstrich. 2010 gab man den alten Vitrinen schließlich ihre ursprünglichen Farben wieder zurück, außen weiß, innen blau.
Die Sammlung heute
Heute ist das Museum Eigentum der Lyzeumsstiftung Bamberg und ein Teil der Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns. Die Sammlung im heutigen Naturkundemuseum umfasst über 200.000 Exponate. Diese entstammen unter anderem der Geologie, Mineralogie, Paläontologie, Zoologie und der Botanik. Besonders zu erwähnen sind die Sammlungen von exotischen Vögeln, Ammoniten, Insekten und die vielen Wachsmodelle einheimischer Obstsorten, von denen viele heute bereits ausgestorben sind.
