Der Grundriss der Kirche wurde in Form eines griechischen Kreuzes geplant. Die Kirche besaß zwei Chöre, die gen Osten bzw. gen Westen gerichtet waren. Den westlichen Chor weihte man dem Heiligen Stephanus, den Ostchor dem Heiligen Peter.
Im 12. Jahrhundert wurde im Auftrag von Bischof Otto I. am Kirchengebäude ein Kirchturm errichtet, der sich zwischen Nord- und Westbau befand. Nicht genau überliefert dagegen ist der Umbau dieses Turms im Jahr 1235. Der Bamberger Fürstbischof Eckbert von Andechs-Meranien ließ die Änderungen durchführen. Dokumentiert ist aber nicht, ob es sich hierbei um einen kompletten Neubau oder eine Erweiterung des bestehenden Turmes handelte. Dieser stellt heute den ältesten Teil der jetzigen Kirche dar.
Kapellen der Kirche
Im 13. und 14. Jahrhundert wurden in der Kirche eine Reihe von Kapellen und Altäre errichtet, welche durch den Kirchenneubau im 17. Jahrhundert heute nicht mehr erhalten sind. So ist die Existenz einer Corporis-Christi-, Kunigunden- und Laurentiuskapelle nachgewiesen, die sich in den Ecken zwischen den Chören und den Seitenschiffen befanden.
Erweiterung und Neubau
Durch verschiedenste Erweiterungs- und Neubauarbeiten über fünf Jahrhunderte hinweg in Mitleidenschaft gezogen, wurden im 17. Jahrhundert Pläne für einen Neubau von Giovanni Bonalino und Valentin Junker entwickelt. Im Jahr 1626 begannen die Arbeiten am östlichen Chor der Kirche, die 1631 abgeschlossen werden konnten.
Doch inmitten des Dreißigjährigen Krieges (Beginn 1618 bis 1648) waren die finanziellen Mittel so rar, dass der Rest der Kirche nur provisorisch instand gesetzt und erst 1680 von Antonio Petrini fertiggestellt werden konnte. Petrini, auf dessen Pläne auch der Bau von Schloss Seehof, des dem Jagdschloss der Bamberger Fürstbischöfe, zurückgeht, behielt die ursprüngliche Form des Grundrisses aus dem 11. Jahrhundert bei.
Nachdem die Arbeiten im Inneren der Kirch im Jahr 1709 beendet waren, wurde abschließend eine Orgelempore installiert, welche von Leonhard Dientzenhofer entworfen und gefertigt wurde. Im selben Jahr konnte die Kirche von Weihbischof Johann Werner Schatz feierlich geweiht werden.
Säkularisation
Die Säkularisation führte dazu, dass die Kirche Sankt Stephan 1807 der evangelischen Gemeinde überlassen wurde. Im Zuge dessen wurde der Großteil des Inventars, darunter Gemälde, Altäre und die Kanzel der Kirche, verkauft. Im 19. Und 20. Jahrhundert wurden abermals aufwändige Renovierungs- und Sanierungsarbeiten durchgeführt.
Bei einem Besuch der Stephanskirche fallen einem die sehr hohen Gewölbedecken ins Auge, die reich mit kunstvollen Stuckarbeiten verziert sind. Im Chor befinden sich acht Stuckfiguren, bei denen es sich um die Bildnisse der Heiligen Muttergottes, der Heiligen Kunigunde mit einem Modell der ersten Stephanskirche, dem Heiligen Heinrich, ebenfalls mit einem Modell des Bamberger Doms, des Heiligen Otto, Petrus, Laurentius, Paulus und Kilian handelt. Das Stuckbild in der Vierung, auf dem das Martyrium des Heiligen Stephanus abgebildet ist, ist ebenfalls reich verziert und rundet die Gesamtkompositionen ab.
